A megfelelő körülmények között tartott rágcsáló ritkán betegszik meg, de sokszor előfordul, hogy a gazdi ügyetlenségéből kifolyólag baleset éri kis kedvencünket.
Leggyakoribb példa erre, az esések miatti csonttörés. Ilyen esetekben azonnal állatorvoshoz kell vinni a sérült állatot, ahol rögzítik a sérült végtagot a gyógyulás reményében. Ha állatkánk csontjai törékenyebbnek bizonyulnak az átlagosnál, ez intő jel lehet egy tipikus hiánybetegségre, a kalciumhiányra. Ez esetben plusz kalciumra van szükség a díszmadaraknak is ajánlott szépia, vagy porrá tört tojáshéj adagolásával. További gyakori rágcsálóbetegség a hasmenés. Ezt okozhatja romlott takarmány adása, takarmányváltás, a bélcsatorna egyensúlyának felborulása, bizonyos baktériumok túlszaporodása, utalhat valamilyen fertőző betegség jelenlétére, vagy egyszerűen kis kedvencünk az általa kedvelt zöldség és gyümölcsfélék fogyasztását vitte túlzásba. Ha a hasmenés kiváltó okai közül kizárjuk a takarmányozási hibákat, valószínűleg fertőzésről van szó.
A baktériumos fertőzések kezelése két fő részből áll: a beteg állatot antibiotikummal kell kezelni és diétás táplálékot kell biztosítani számára.
Erre a célra kitűnően alkalmazható az alma és a  keksz. A zöldtakarmányokat, olajos magvakat hasmenés esetén mindig kerüljük. Mivel a hasmenés jelentős víz-és-elektrolitveszteséggel jár, ami keringési zavarokat is okozhat,ezért a folyadék pótlásáról mindenképpen gondoskodnunk kell.
Egy hörcsögnek alkalmanként 30-40 csepp keserű tea adása javasolt, amit szemcseppentővel vagy tű nélküli fecskendővel juttathatunk a szervezetébe. Ha az állat már a kiszáradás jeleit mutatja (erre utalnak a beesett szemek és a rugalmatlan bőr) az állatorvos infúzió segítségével mentheti meg az állat életét. A rágcsálóknál székrekedés is kialakulhat, amit leggyakrabban a nem megfelelő alom lenyelése okoz, amely elzáródást idéz elő a belekben. Ha az állat púposított háttal erőlködik, először mindig a székrekedésre kell gondolnunk. Ilyenkor a hasmenés kezelésével ellentétben sok friss zöldtakarmányt, esetleg 2-3 csepp olívaolajat adhatunk az állatoknak.
Az édességek etetésével egészséges állatok esetében is csínján kell bánni, mert könnyen fogszuvasodást okozhat, amit csak a fog kihúzásával lehet orvosolni. A beteg fogak miatt gyakran tályogok alakulnak ki a fogmederben, mely a szervezet egészére káros hatással lehet. Ha kis kedvencünk tüsszög esetleg folyik az orra akkor felsőlégúti megbetegedésről, rosszabb esetben tüdőgyulladásról beszélhetünk. Minden ilyen esetben azonnal forduljunk állatorvoshoz és tartsuk be utasításait, mely feltehetően antibiotikumos kezelésből fog állni. Az étvágytalanság okát leggyakrabban a fogak és a pofazacskók táján kell keresni. A hegyes magvak beékelődhetnek, vagy felsérthetik az állat pofazacskóját és így gyulladás alakulhat ki. Ennek megelőzése érdekében helyesen kell megválogatni az állat eleségét, kerülni kell a hegyes magvakat tartalmazó takarmányt. A rágcsálóbetegségek további nagy csoportját a bőrelváltozások alkotják. Tünetei lehetnek a viszketés miatti vakarózás, valamint a szőr hullása is. Gyakoriak az atkák okozta, erős viszketegséggel járó bőrelváltozások.
Sokszor találkozhatunk a bőr gombás elváltozásával is. Ilyenkor a szőr foltokban töredezik, illetve kihullik. Ez a szőrhiányos terület pikkelyszerűen hámlik, és esetenként viszket. A vakarózás miatt másodlagosan gennyes bőrgyulladás is kialakulhat. Kezelésként a szőrhiányos bőrfelület gombaölő szerrel való ecsetelését végezhetjük el. Mivel egyes gombafajok az emberre is átterjedhetnek, csak kesztyűvel nyúljunk a beteg állatokhoz. Mivel az atka és a gombafertőzés tünetei hasonlóak, teljes biztonsággal csak laboratóriumi vizsgálattal lehet elkülöníteni azokat. A fülkagylón és a szemhéjon, illetve az ajkakon kialakult bőrdaganatok jellemzően a hörcsögökön fordulnak elő. Mivel ez a betegség sok esetben nem gyógyítható, kiterjedt elváltozás esetén az állat humánus elaltatása javasolt. Fontos megemlíteni a marakodásból származó bőrsérüléseket is, amik rágcsálóknál nem ritkák. Megelőzésként a vemhes állatokat mindig különítsük el, a felnőtt egyedeket pedig szoktassuk össze. A verekedéskor keletkezett sebet gondosan fertőtlenítsük, súlyos sérülésnél forduljunk állatorvoshoz.
Meg kell említenünk továbbá, hogy főleg a hörcsögökre jellemző a vírusos agyhártyagyulladás mely az emberre is igen veszélyes! Főleg a tenyészetekben fordul elő és a legtöbb egyed pár hetes korában átesik a betegségen és 3 hónapos korára a vírus teljesen eltűnik az állat szervezetéből. Ezért ajánlott az idősebb egyedek vásárlása. Ha a  fent felsoroltakon kívül bármilyen szokásostól eltérő viselkedést tapasztalunk kedvencünknél, mely néhány napnál tovább eltart, célszerű orvoshoz fordulnunk.